Опубликовано: 01.01.1970

25 июня 1968 года в г. Якутске был создан Якутский филиал гидрохимической лаборатории Амурской бассейновой инспекции. Через год в соответствии с приказом министра мелиорации и водного хозяйства РСФСР от 27 июня 1969 г. № 288 филиал был передан в состав Байкальской бассейновой инспекции (ББИ). На Якутский филиал Байкальской бассейновой инспекции согласно приказу от 7 августа 1969 г. № 46 был возложен контроль за использованием и охраной водных ресурсов в Якутской АССР.

В дальнейшем, когда на базе Якутского филиала ББИ было образовано Ленское бассейновое (территориальное) управление по регулированию использования и охране вод (ЛБТУ), наряду с функциями контроля и охраны водных ресурсов согласно Типовому положению об управлении, Минводхоз РСФСР возложил обязанности государственного управления и контроля за соблюдением всеми министерствами, ведомствами, предприятиями, организациями, объектами-водопользователями установленного порядка пользования водными ресурсами, ведение единого госучёта использования вод, учета балансов водных ресурсов и источников загрязнения, выдачу разрешений на спецводопользование, согласование проектно-сметной документации, приемку объектов в эксплуатацию, систематизацию, анализ и обобщение данных об использовании водных ресурсов, разрешение споров между водопользователями в порядке, установленном водным законодательством и другими подзаконными актами и т.д

В соответствии с приказом Минводхоза РСФСР № 398-пр от 05 ноября 1988 г. «О передаче функций по охране водных ресурсов органам Госкомприроды РСФСР» ЛБТУ по охране вод было преобразовано в Ленское бассейновое водохозяйственное объединение Минводхоза РСФСР. Последнее по своему наименованию должно было заниматься комплексом работ водохозяйственного направления в Республике. Однако, из-за отсутствия на его балансе водохозяйственных сооружений и в связи с переходом функций госуправления водохозяйственным комплексом в Республике в Госкомприроду РС(Я) Указом Президента РС(Я) от 19 января 1992 года за № 27 «О реорганизации центральных органов государственного управления Республики Саха (Якутия)» водохозяйственное объединение реорганизуется в Управление водных ресурсов с подчинением Министерству экологии и природопользования РС(Я). В развитии данного Указа Президента РС(Я) 4 мая 1992 года за № 218 Правительство республики принимает постановление «Вопросы Управления водных ресурсов Министерства экологии и природопользования РС(Я)», которым устанавливает данное управление полномочным государственным органом Министерства экологии по вопросам государственного управления в области регулирования использования вод, организации контроля за охраной водных ресурсов от загрязнения и истощения, восстановления водных объектов в соответствии с требованиями природоохранного законодательства. Данным решением Правительства установлена численность работников в количестве 20 единиц и ведение самостоятельного баланса.

В последующем с выходом Указа Президента РС(Я) № 204 от 1 августа 1992 года и № 206 от 12 августа 1992 года «Управление водных ресурсов» переведено в разряд подразделений министерства без самостоятельного баланса с численностью 12 человек, выполняющих весь комплекс полномочий, определенных постановлением Правительства РС(Я) от 4 мая 1992 года № 218. Образовано Министерство экологии и природопользования РС(Я).

В 1994 году Указом Президента Республики Саха (Якутия) от 28 сентября 1994 года № 864 Министерство экологии и природопользования РС (Я) преобразовано в Министерство охраны природы РС(Я) (Управление водным фондом).

В 2001 году Приказом Министерства природных ресурсов Российской Федерации от 30 июля 2001 года № 570 создано Ленское бассейновое водное управление Министерства природных ресурсов Российской Федерации на базе Управления водным фондом при Министерстве охраны природы.

В 2004 году Приказом Министерства природных ресурсов Российкой Федерации от 13 августа 2004 года № 611 Ленское бассейновое водное управление Министерства природных ресурсов Российской Федерации переподчинено Федеральному агентству водных ресурсов Министерства природных ресурсов Российской Федерации.